Syphon Filter é um jogo de tiro em terceira pessoa para o PlayStation lançado em 1999. É o primeiro jogo da série Syphon Filter.

Gabriel Logan e Lian Xing são operários da Agência, que estão no rastro de Erich Rhoemer, um terrorista internacional. Agente Ellis tentou infiltrar Rhoemer na operação dos narcóticos, em Costa Rica, mas foi descoberto e executado pela ex-agente KGB Mara Aramov. Rhoemer então ordenou Anton Girdeux, um terrorista francês, para queimar as plantações e esconder as provas de investigação de Syphon Filter.

Em Washington, DC, Edward Benton, diretor Adjunto da Agência, está dando um relatório sobre a missão para o Agente Logan, o diretor Thomas Markinson e uma sombra, uma figura anônima. Gabe e Lian investigam um misterioso vírus com foco no Himalaia, o que deixa apenas um único sobrevivente, um fato que Lian descreve como impossível.

Quando o jogo começa, Rhoemer e seus terroristas lançaram um ataque em Washington, DC, Gabe derrota Pavel Kravitch, perito em comunicação de Rhoemer, que lhe permite entrar no Metrô de Washington. Uma vez lá dentro, um explosivo é detonado deixando Gabe aprisionado no subsolo. Ele persegue Aramov, capturando-a nos túneis antes de seguir para um parque próximo para ajudar a desarmar várias bombas virais onde ele aprende que Aramov tinha escapado da custódia. Tomando o seu caminho para o Memorial da Liberdade, Gabe chega e derrota Marcos Jorge, o homem que tinha o detonador das bombas de Rhoemer, e Girdeaux.

Resultados de Laboratórios mostram que o Syphon Filter é uma próxima geração de armas biológicas mortais, capazes de atingir a demografia específica. Jonathan Phagan, CEO e fundador da PHARCOM,atende a uma gala em seu novo Centro de Exposições do Museu, onde ele é tomado em cativeiro por Aramov, e Benton é revelado como um agente duplo. Gabe mata Benton, liberta Phagan, mas Aramov, que é capturada, novamente escapa da custódia.

Gabe vai para a base secreta de Rhoemer no Cazaquistão. Gabe tem sucesso, mas Lian é capturada por Rhoemer. Gabe mata o comandante Vladislav Gabrek e destrói o helicóptero de Rhoemer que o atacou. Gabe acredita que a explosão matou Lian.

Gabe é então enviada para se infiltrar na fortaleza Rhoemer da Uzhhorod, Ucrânia, que é uma catedral gótica. Injetando nos pacientes viral, com o que ele pensa que é um antídoto, Gabe desce mais profundo na catedral para resgatar Lian, que explica que não existe um antídoto 'global' para o vírus. Eles também encontram Phagan, que é posteriormente morto por Aramov. Ela decide ajudar Gabe e Lian, uma vez que ela tem em nenhum lugar para ir.

Gabe, em seguida, o se infiltra nos armazéns de PHARCOM em Almaty, Cazaquistão, onde a segurança PHARCOM está batalhando com os homens de Rhoemer. Gabe descobre que Markinson que estava secretamente negociando com Rhoemer para obter o Syphon Filter para a Agência, e que fizeram Gabe injetar nos pacientes cloreto de potássio. Rhoemer revela que ele capturou um ICBM(míssil balístico intercontinental) soviético e o carregou com uma bomba viral de Syphon Filter. Rhoemer mata Markinson e começa a sequência de lançamento para o míssil. Gabe não pode impedir o lançamento, por isso a sua única esperança é a de iniciar a sua sequência de auto-destruição , uma vez que está na atmosfera superior. Gabe com sucesso destrói o míssil. Rhoemer, furioso com as interferências de Logan, chama-o para uma luta final. Gabe é capaz de matá-lo e evitar III Guerra Mundial.

Depois de terminar os créditos, uma cena mostrando a sombria figura do inicio do jogo segurando uma amostra do Syphon Filter no interior da sede da Agência com Aramov, que está rindo.