Xenogears acompanha a aventura de Fei Fong Wong e vários outros em sua batalha por sobrevivência em um mundo ameaçado pela guerra entre as nações de Aveh e Kislev. Os princípios e filosofias de Friedrich Nietzsche, Sigmund Freud, Carl Jung e Jacques Lacan, bem como vários temas religiosos, influenciam fortemente o enredo e o mundo de Xenogears. Um dos temas principais do jogo é a natureza da memória humana: desde o início do jogo, Fei sofre de perda da memória, que ilustra suas interações com outros personagens. Além do conceito de memória, o conflito entre homem e máquina também é central ao enredo do jogo. Os personagens controláveis podem manusear robôs gigantes conhecidos como Gears e utilizá-los em batalha.

Nota: Tem um bug que é do jogo, no CD2 quando Fei e o grupo vai enfrentar Deus em Mahanon o jogo da uma travada, para passar por este inimigo não pode ataca-lo pois toda vez que ataca ele se recarrega em 16000 HP, ele tem um ataque que tira metade do HP inclusive o dele então tem que ficar usando carregar até que ele fique com menos de 1500 HP, só que se ficar fazendo isso é onde acontece o bug, bom pra pular este bug a dica é usar item que recupere o HP com um dos personagem e os outros dois pode ficar usando carregar até que ele ataque com esse golpe especial até chegar a menos de 1500 HP e acabar com ele.