O planeta Solont, localizado próximo ao centro da galáxia, é o primeiro mundo a ser colonizado pelo homem e está a ponto de ser visitado por uma nova e desconhecida forma de vida. Trinta e um anos após a Guerra Civil de Xacalite (história mostrada no Sega CD), a humanidade está prestes a enfrentar uma nova ameaça – uma terrível ameaça que vem dos mais obscuros e longínquos cantos do universo, uma forma de vida parasita que vem destruindo tudo por onde passa, e na sua rota está o distante planeta que a humanidade chama de Terra.

O futuro da humanidade agora está nas mãos dos habilidosos pilotos do Esquadrão Silpheed, composto pelos melhores pilotos da Federação das Forças Planetárias dos Espaços. Cada piloto neste grupo de ases do espaço voa no Silpheed AS-77 Tipo J, com uma grande capacidade defensiva e dois enormes canhões como arma que possibilitam incomparáveis combinações e flexibilidade de poder de fogo.

Agora cabe a você liderar o Esquadrão Silpheed, encontrar o planeta perdido dessa ameaça alienígena e salvar a galáxia. Apenas mais um dia na vida de um jovem piloto, não?